Сцена, в которой агенты гонятся за Нео по рынку, разительно напоминает сцену погони за человеком, захваченным Кукольником в «Ghost in the Shell».
В фильме постоянно встречаются числа 1 и 3. Считается, что Neo — это анаграмма слова «one» (один), также понятие «Избранный» по-английски — «The One», а Trinity означает «троица». В другом фильме братьев Вачовски — «V — значит вендетта» — фигурирует число 5.
Номера комнат в фильме имеют некоторую закономерность. Тринити в начале фильма сидит за ноутбуком в комнате отеля под номером 303. Квартира Нео имеет номер 101. В конце фильма Нео, чтобы выйти из Матрицы, должен прийти в ту же комнату 303 того же отеля. Возможно, это символизирует связь между Нео и Тринити.
«Матрица», «Тринити», «Морфеус», 303 и 101 — это названия различных моделей музыкальных синтезаторов, производимых разными компаниями.
Реальное имя героя — Томас Андерсон. В начале фильма Томас сомневается относительно реальности происходящего. Если учесть, что Томас — это Фома на английский манер, его недоверие приобретает более глубокий философский смысл. О неверии апостола Томаса (Фомы) упоминается в Евангелии от Иоанна.
Neo означает «новый» (произошло от греческого слова).
Фамилия Андерсон означает «сын человека». Таким образом, прозревший Томас становится Нео Андерсоном — «новым сыном человека».
Многие имена из фильма не только имеют под собой историческую основу, но и символично согласованы в своих сюжетных сочетаниях. Так, например, Морфей — в древнегреческой мифологии бог сновидений, сын Гипноса, бога сна. (Следует заметить, что Гипнос посылает сон, а Морфей уже привносит сновидения). В «Матрице» корабль Морфеуса называется «Навуходоносор», именем царя Вавилонии. По легенде, немаловажную роль в жизни этого царя сыграли сновидения.
Имена главных героев созвучны с компьютерными терминами:
Эпок (Epoch) — термин компьютерного мира, обозначающий точку отсчёта от 1 января 1970 года. От этого момента считывается время в секундах в Unix, так называемый формат unixstamp.
Свич (Switch) — оператор, реализующий во некоторых языках программирования многовариантный выбор; так же устройство, позволяющее строить множественноразветвлённые компьютерные сети.
Маус (Mouse) — компьютерный манипулятор мышь используется в основном в системах с графическим интерфейсом пользователя.
Оракул, Пифия (Oracle) — распространённая система управления базами данных (СУБД), использующая язык запросов SQL.
Капитан Мифуне — созвучно с названием функции «myfun», изредка используемым программистами.
Линк (Link) — название компьютерного соединения.
На борту «Навуходоносора» расположена табличка. На ней отображено имя корабля («Nebuchadnezzar» — на английском) и дата и место его постройки: США, около 2069 г. Около этой надписи имеется ещё одна: «Mark III № 11».
Название мятежного города Зион образовано от холма Сион, на котором стоит Иерусалим. Для евреев он является символом Земли Обетованной.
Примерно на четвёртой минуте фильма есть сцена, где Тринити, убегая от агента Брауна, перепрыгивает с одной крыши на другую. На той крыше, куда она приземляется, зритель может видеть рекламный щит с надписью «GUNS» («ПИСТОЛЕТЫ»). Что символично: изображение пистолета под этой надписью соответствует модели «Israeli Military Industries' Desert Eagle» — оружия, которым на протяжении фильма пользуются агенты Матрицы.
Имя Сайфер (Cypher) похоже на слово «Lucifer» (Люцифер — имя сатаны), а также на «cipher» (шифр).
Когда изменник Сайфер встречается в ресторане с агентом Смитом, становится известно, что его фамилия — Рейган, что он хочет «всё забыть» и быть «важным человеком, актёром, может быть». Президент США Рональд Рейган в прошлом был актёром, а в последние годы страдал болезнью Альцгеймера (то есть «всё забыл»).
Когда в конце фильма Нео, убегая от агентов, забегает в комнату к пожилой женщине, которая вяжет и смотрит телевизор, на экране телевизора мы видим изображение — мужчину в чёрном пальто. Это отрывок из реально шедшего в 1967 году в Америке телешоу «The Prisoner» («Узник»).
Немногим раньше, когда Нео только выбежал со станции метро, он звонит оператору и обращается к нему: «Mr. Wizard, get me out of here!» («Эй, Маг и Кудесник, вытаскивай меня отсюда!» — в одном из переводов). Эта фраза является цитатой из мультфильма «Tooter Turtle» («Черепашка Трубач»), вышедшего на экраны в 1960 году. По сюжету, у этой черепашки был знакомый Маг («Mr. Wizzard») (ящерица, по созвучию слов wizard и lizard), и каждый раз, когда Трубач попадал в очередной переплёт, где ему приходилось уж совсем туго, он произносил эту заветную фразу, после которой обычно Маг «вытаскивал» его домой.
Все названия перекрёстков (как, например, угол «Wells and Lake», где находится телефон-автомат, через который уходит из Матрицы Тринити в начале фильма) являются реальными и существуют в городе Чикаго, в котором родились братья Вачовски. Станция метро, на которой сражаются Нео и Смит, также существует в Чикаго. Тем не менее, ни одна из сцен в Чикаго не снималась.
В начале фильма Нео достаёт компьютерный диск из книжки «Simulacra and Simulation» («Симулякры и симуляция») Жана Бодрийяра — эта книга является популярной критической теорией, пытающейся объяснить, где «реальность», а где «имитация». При этом Нео открывает книгу на главе «On Nihilism» («о нигилизме»). В первом приближении нигилизм — это философская точка зрения, представляющая собой отрицание общепринятых ценностей: идеалов, моральных норм, культуры, форм общественной жизни.
Джой (парень, покупающий у Нео диск в начале фильма) периодически говорит с Нео «пророческими» фразами: «Ты не существуешь…», «Ты мой спаситель!» и т. п. Также на фразу Нео «У меня всю жизнь такое ощущение, будто я не знаю: сплю я, или нет», — он говорит о мескалине — психоделическом наркотике, одним из эффектов которого является ощущение «пробуждения» от сна, которым кажется вся предыдущая жизнь. Это же, в частности, упоминалось в книге Олдоса Хаксли «The Doors Of Perception» («Двери восприятия»).
В комнате, где Нео ждёт Оракула, телевизор показывает гигантских кроликов (фильм «Night of the Lepus» 1972 года), так как Нео получил в начале фильма сообщение о том, что он должен (подобно Алисе в стране чудес) следовать за белым кроликом. Это символизирует, что он на правильном пути.
B папке с личным делом Нео, которую просматривает агент Смит, допрашивая его, можно рассмотреть некоторые пункты биографии Нео:
Последний раз эта папка обновлялась 22 июля 1998 года.
Он родился 11 марта (11.03) 1962 года.
Он родился в месте под названием «Lower Downtown, Capitol City».
В девичестве его мать звали Мишель МакГахей (как одного из художественных директоров фильма).
Его отца звали Джон Андерсон.
Он окончил Центральную западную высшую школу и высшую школу Оуэна Патерсона (Оуэн Патерсон — художник-постановщик фильма).
В фильме «Высшее образование» 1995 года первой фразой Лоренса Фишберна (Морфеус в Матрице) является знакомая нам по «Матрице» фраза: «Добро пожаловать в реальный мир!»
В фильме «Кошмар на улице Вязов 3: Воины сна» Лоуренс Фишберн играл санитара психиатрической лечебницы, сюжет фильма также был построен вокруг реальности сновидений и их влияния на реальный мир.
В 1995 году в телефильме «The Tuskegee Airmen» у персонажа Лоуренса Фишборна уже был член экипажа по имени Тэнк.
Кэрри-Энн Мосс (Тринити) сыграла роль Лиз Тиил в телесериале «Матрица» 1993 года. Название этого телесериала с фильмом «Матрица» напрямую не связано.
В фильме Властелин колец играют два актёра, игравших в «Матрице». В роли Углука — Натаниэль Лис (в матрице Мифуне), в роли Элронда — Хьюго Уивинг (в матрице агент Смит). Так как эти два фильма вышли примерно в одно время и Хьюго играл в них совершенно противоположные роли, было выдумано множество анекдотов с участием его персонажей. Так, много шуток подобного рода присутствует в юмористических переводах этих фильмов студией Божья искра («Шматрица», «Братва и Кольцо»).
Также два актёра из «Матрицы» играют в фильме «Помни». В роли Тедди — Джо Пантолиано (Сайфер), в роли Натали — Кэрри-Энн Мосс (Тринити). Леонарда, главного героя фильма, играет Гай Пирс, по комплекции и возрасту напоминающий Киану Ривза. Герой фильма страдает редкой формой амнезии.
В фильме «Гуд бай, Ленин!» один из главных героев появляется в футболке, рисунок на которой (зелёные буквы и цифры на чёрном фоне) является аллюзией на «Матрицу», снятую, однако, спустя десятилетие после описываемых в кинокартине «Гуд бай, Ленин!» событий.
Когда агент Смит допрашивает Нео, листая его дело, можно заметить, что срок истечения паспорта Нео это 11 сентября [[2001] года.

Взято с (советую зайти почитать, там много ещё интересных фактов):
http://ru.wikipedia.org/wiki/Матрица_ (фильм)